การปรับปรุงคุณภาพน้ำการใช้ EM สามารถเร่งการหมักของเสียจากอาหารสัตว์ได้ซึ่งจะเป็นการป้องกันการสะสมของกากตะกอน นอกจากนี้ EM และเมแทบอไลต์ที่ผลิตโดย EM สามารถกระตุ้นจุลินทรีย์ในน้ำฟื้นฟูระบบนิเวศในน้ำ และเพิ่มความสามารถในการทำความสะอาดตัวเอง ส่งผลให้คุณภาพน้ำในบ่อเลี้ยงของฟาร์มดีขึ้นและตะกอนไม่สะสมในสิ่งแวดล้อม
การเพิ่มอัตราการย่อยอาหาร (FCR) และลดอัตราการตาย การเสริมอาหารด้วย EM สามารถช่วยให้สัตว์น้ำต่างๆย่อยอาหารได้ดีขึ้นและเติบโตเร็วขึ้น ซึ่งเพิ่ม FCR เพราะฉะนั้น ความต้านทานต่อโรคสามารถปรับปรุงได้ในสภาพแวดล้อมน้ำที่มี EM ซึ่งช่วยลดอัตราการตาย
